Lyngby Friskoles bestyrelse er sammensat af skolelederen, viceskolelederen, afdelingslederen af SFO’en, en medarbejderrepræsentant samt otte forældrerepræsentanter, der alle har børn på skolen. Bestyrelsens formand og næstformand vælges blandt forældrerepræsentanterne. Bestyrelsen arbejder med skolens grundværdier og visioner, overordnede retningslinjer for skolen, undervisningsmiljø, elevernes og lærernes trivsel, samarbejde mellem skole og hjem og meget mere. Bestyrelsen har det overordnede økonomiske ansvar for skolens drift og godkender skolens årlige budget. Der afholdes seks bestyrelsesmøder på Lyngby Friskole om året.
Lyngby Friskole har også et udviklingsråd, hvor alle forældre, ansatte og elever på skolen kan deltage. Der afholdes et udviklingsrådsmøde årligt med fokus på at videreudvikle skolens pædagogiske grundlag.