Mellemtrinnet dækker over 4., 5. og 6. klasse. Når eleverne starter på mellemtrinnet, har de mange af de samme fag som i 3. klasse, men teamet omkring klassen ændrer sig moderat, da SFO-teamet er gledet i baggrunden. Der er stadig mulighed for tæt voksenkontakt, men eleverne orienterer sig oftest i stigende grad imod deres kammerater.
På mellemtrinnet får eleverne flere nye fag og de faglige krav i de fag de allerede har haft i flere år stiger gradvist. Som noget nyt får eleverne tysk i 5. klasse.
På Lyngby Friskole indgår computerne i næsten alle fag og alle børn har adgang til skolens computere (vi har trådløst netværk i alle klasselokaler). Fra 5. klasse skal eleverne selv medbringe deres egen laptop (de får udleveret login til Office365).